細胞核是最早發現的細胞器，由弗朗茲·鮑爾(Franz Andreas Bauer)在1802年對其進行最早的描述。到了1831年，蘇格蘭植物學家羅伯特·布朗又在倫敦林奈學會的演講中，對細胞核做了更為詳細的敘述。布朗以顯微鏡觀察蘭花時，發現花朵外層細胞有一些不透光的區域，并稱其為“areola”或“nucleus”。不過他并未提出這些構造可能的功用。馬蒂亞斯·許萊登在1838年提出一項觀點，認為細胞核能夠生成細胞，并稱這些細胞核為“細胞形成核”（Cytoblast）。他也表示自己發現了組成于“細胞形成核”周圍的新細胞。不過弗朗茲·邁恩對此觀念強烈反對，他認為細胞是經由分裂而增殖，并認為許多細胞并沒有細胞核。由細胞形成核作用重新生成細胞的觀念，與羅伯特·雷馬克及魯道夫·菲爾紹的觀點沖突，他們認為細胞是單獨由細胞所生成。至此，細胞核的機能仍未明了。